Keletkezését a honfoglaló 9 magyar törzs egyikének, a Kér nemzetségnek, köszönheti. Nemeskér falut az írott források 1237-ben említik először Quer néven. 1264-ben Keer alakban fordul elő. Az 1380-as években Pusztakérként emlegetik. A középkorban már több birtokos, közöttük a Kéri, majd az Osl nemzetség is szerez itt területeket. Ez utóbbiak révén az Ágoston-rendi szerzeteseknek lesz a községben birtoka és lakása. Később a Kanizsay-, majd a Nádasdy-uradalom közepén az uradalmi központhoz, Sárvárhoz közeli község életét a faluban kisebb birtokokkal rendelkező hatalmasságok határozzák meg. A török dúlás a település teljes pusztulását okozta 1529–1532 között. A XVI. – XVII. századtól kezdve kisnemesi község Nemeskér. A hitújítás idején a falu is evangélikussá válik, de nem lesz önálló egyházközség. 1596-ban lesz saját prédikátora a falunak. 1643-tól Nádasdy Ferenc katolizál. Musay Gergely evangélikus püspök ide menekül, és itt működik 1664-ig. 1651-től 1786-ig Nemeskér volt Sopron vármegye székhelye. Az 1681-es országgyűlésen artikuláris hellyé nyilvánították.
Ez az evangélikusok számára szabad vallásgyakorlást jelentett. Nem sokkal ezután a templomot, melybe az evangélikusok jártak, a vármegye urai elvették, de 1732-ben engedélyt adtak új templom építésére. 1796-ban állították fel a vármegyeházához vezető előépület kapujához közel Nepomuki Szent János szobrát, mint a hidak és bejáratok védőszentjét. 1777-ben leégett a nagyhírű iskola, sőt 1858-ban akkora tűzeset volt, hogy a falu háromnegyede leégett. II. József türelmi rendelete révén minden felekezet szabad vallásgyakorlatot nyert, így az artikuláris idők befejeződtek. A vármegye is visszaköltözött Sopronba. A napóleoni háborúk a települést érzékenyen érintették. A francia seregek Sopron vármegyét fél évig tartották megszállva. Ez idő alatt a seregeket a falvak látták el élelemmel és szállással. Ebben az időben nagyon sok német eredetű, illetve származású család vándorolt be a faluba. Eme családok sokféle mesterséget folytattak a településen. Szűcsök, kalaposok, asztalosok jöttek a burgenlandi részből, s mellettük a csizmadiaság is elterjedt. A falu határa kicsi volt, csak a mezőgazdaságból nem lehetett megélni. Az 1848-as időszak hatalmas áldozatot követelt a falutól. Itt szörnyű járványok pusztítottak, amelyek tömegesen vitték el az embereket. Az osztrák oldalon álló horvát katonák a szabadrablások alkalmával egy ízben az evangélikus templomot is kirabolták. 1856-ban új evangélikus, 1905-ben, pedig új katolikus iskola épült. Nemeskéri Kiss Pál, majd Inkey József voltak az utolsó földesurak. 1862-ben tornyot építettek az evangélikus templomhoz. A kapitalizmus korában az egykori nemesi falu fokozatosan a kisiparosok községévé válik, a parasztgazdaságok főleg az állattartásra tértek át. 1930-ban a 620 lakosú településen 42 iparos működik.